La temática del Congreso gira en torno a dos ejes. Por un lado, el concepto de sistema agroalimentario, entendido como el conjunto de actores, y las relaciones que se establecen entre ellos en un determinado espacio y tiempo, que de forma más o menos directa participan en la producción de bienes o la prestación de servicios destinados a satisfacer las necesidades alimentarias de consumidores. Se trata, pues, de un concepto amplio que abarca a todos los actores de la cadena alimentaria y todas las actividades y relaciones que se dan en su seno. Por otro lado, el otro eje temático es el de la sostenibilidad, entendida en sentido amplio desde que el concepto penetró el Derecho medioambiental internacional con la Declaración de Estocolmo de 1972, y que comprende tres dimensiones: la sostenibilidad medioambiental, la económica y la social.
